北京时间2018年8月1日消息，上海嘉因生物科技有限公司（以下简称“嘉因生物”）宣布启动“十万样本开放染色质测序计划” —— X-ATAC 计划。该计划旨通过3年时间，在中国建立世界领先的基因转录调控数据库。据介绍，该计划包括两大行动任务：首期，嘉因生物将在国内完成3万例样本的 ATAC-seq实验，和相应的数据分析工作；后期，嘉因生物会进一步将可纳入样本和相关研究扩大至全球范围。
嘉因生物CEO、上海市浦江人才李旦博士表示，嘉因生物主导构建的基因转录调控数据库，将为生物基础研究，医学临床研究乃至疾病检测和治疗等应用提供基础参考数据库。同时，该计划还将帮助建立精准医学相关标准，为国内外各科研单位和医疗机构的精准诊断和精准治疗提供免费的表观遗传和转录调控层面的参考数据集。
开放染色质测序的
革命性技术：ATAC-seq
ATAC-seq技术于2013年发表在Nature Methods杂志上，该技术可在全基因组尺度下对开放染色质区域进行精确定位。随后的几年，该技术被进一步优化，可适用的样本类型从细胞逐渐扩大至各类组织和单细胞样本，在癌症，发育，免疫，神经等领域中被广泛应用。开放染色质区域包含了大量重要的非编码调控元件，包括增强子（enhancer）、启动子（promoter）和绝缘子（insulator），这些调控原件在转录调控中起到重要作用 ，因此ATAC-seq使全面研究转录调控成为可能。就其技术本身而言，ATAC-seq技术是探究疾病成因、表型形成和植物应激反应的分子机制的有力工具，它的适用面广，可应用于各种物种与样本来源，并可以作为ChIP-seq的替代品。
UCLA生物信息学系王程扬博士告诉测序中国，目前嘉因生物已经完成600多例ATAC-seq实验，成功案例已经全面覆盖各物种门类和样本类型，包括植物，动物，人组织，血液细胞，肿瘤，海洋生物，昆虫，真菌、低细胞量等等（代表物种见图1）。经过4年的发展，嘉因生物已经成长为中国表观遗传学实验服务和数据分析服务的领跑者，并朝着世界第一的表观遗传学服务商努力奋进。目前，公司在稳固 ChIP-seq，Bisulfite-seq和ATAC-seq这三项实验的基础上，又进一步研发了 MeRIP-seq和Hi-C等多种表观遗传学实验技术。此外，嘉因生物团队在上海烈冰科技的云平台基础上，进一步开发了表观遗传学的数据分析系统，并将于今年9月正式启用 “嘉因生物表观云平台”，为中国的表观遗传学的数据分析提供更多便利。
图1 . 嘉因生物ATAC-seq成功案例精选
X-ATAC计划势在必行
据悉，嘉因生物的X-ATAC测序计划将成为全球首个专门针对染色质开放区域进行测序的大型项目。该项目的总体目标是破解DNA序列外的另一半生命“密码”——表观遗传学，绘制规模最大的“表观遗传学参比图谱”，并进一步建立基因转录调控数据库，从而为研究各种生物体内的转录调控机制以及临床研究建立基础参考数据库。
刘小乐博士
哈佛大学与美国Dana-Farber癌症研究所终身教授、功能性表观遗传学中心主任刘小乐博士表示，表观遗传学是研究基因转录调控不可缺少的一部分，而ATAC-seq将大力推动人类对表观遗传学的认知。此技术产生的高通量数据与大数据挖掘和人工智能的结合必定会为精准医疗的发展和规范化奠定基础。嘉因生物的X-ATAC测序计划将建立更加完善的多物种转录调控数据库，加之其专业的生物信息学实力，势必促进表观遗传学在国内的推广。
李程研究员
北京大学生命科学学院李程研究员也强调，三维基因组、转录组和以ATAC-seq为代表的表观组的多组学联合分析可从多维度解析生命过程和疾病的发生和发展，提出因果关系的假说进行进一步实验验证，是基因组学的一个崭新而重要的研究方向。嘉因生物此次建立的数据库将为精准医学研究和应用提供强大的数据基础。
江赐忠博士
同济大学生命科学与技术学院特聘教授、973重大专项首席科学家江赐忠博士也表示，核小体分布规律和组蛋白修饰等表观遗传调控机制在胚胎发育、细胞分化和癌症发生等过程起到重要作用。ATAC-seq技术可同时提供开放染色质的信息和核小体定位信息，而且适用于少量或微量细胞。所以嘉因生物开启的X-ATAC测序计划势必将加深中国科研工作者对发育异常和癌症等相关疾病的理解。
关于嘉因生物：中国表观遗传学技术服务的领跑者
嘉因生物创建于2014年，是中国表观遗传学实验服务和分析服务的领跑者，提供以 ChIP-seq，Bisulfite-seq，ATAC-seq，MeRIP-Seq和Hi-C为主的实验服务和生物信息学分析服务。截至目前，嘉因生物已累计完成各类表观遗传学实验2000余例，ATAC-seq和组蛋白修饰的ChIP-seq成功率接近100%，转录因子ChIP-seq成功率>80%。嘉因生物专注于表观遗传学领域，实验技术源自哈佛大学、多伦多大学、UCLA和UNC的合作实验室，分析团队引入了来自UCLA和中科院的优秀博士。嘉因生物参与发表的表观遗传学文章已达20余篇，包括Nature、PNAS、Nature Communication等国际知名杂志；已发表的表观遗传学相关文章的总影响因子>300分，篇数和累计影响因子均为中国大陆工业界榜首。嘉因生物是上海市高新技术企业，并于2015年挂牌博士后实践基地，与中科院联合进行博士后培养。
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